Remote Desktop sendet Identifizierungsinformationen, Tastenkombinationen und Verwaltungsbefehle zwar standardmäßig in verschlüsselter Form, doch empfiehlt es sich, die Sicherheit noch weiter zu erhöhen. Sie können auf Wunsch den gesamten Datenverkehr von Beobachtungs- und Steuervorgängen verschlüsseln. Dies führt jedoch zu einer gewissen Leistungsbeeinträchtigung.

Die Verschlüsselung erfolgt über einen SSH-Tunnel zwischen den beteiligten Computern. Damit Beobachtungs- und Steuervorgänge verschlüsselt werden können, müssen die Zielcomputer SSH unterstützen ("Entfernte Anmeldung" in der Systemeinstellung "Sharing" des Computers). Zudem müssen die Firewalls zwischen den beteiligten Computern so konfiguriert sein, dass Datenverkehr am TCP-Port 22 (typischer SSH-Port) zugelassen wird.

Wenn Sie versuchen, einen VNC-Server zu steuern, auf dem Remote Desktop nicht installiert ist, unterstützt dieser die Tastatureingaben-Verschlüsselung von Remote Desktop nicht. Beim Versuch diesen VNC-Server zu steuern, erhalten Sie eine Warnung, dass Tastatureingaben nicht verschlüsselt werden, die Sie möglicherweise bestätigen müssen, bevor Sie den VNC-Server steuern können. Wenn Sie festgelegt haben, dass alle Netzwerkdaten verschlüsselt werden müssen, ist eine Steuerung des VNC-Servers nicht möglich, da Remote Desktop den erforderlichen SSH-Tunnel für den VNC-Server nicht öffnen kann.